Ракета Tomahawk имеет комбинированную систему наведения: рельефометрический TERCOM, DSMAC, двунаправленный канал спутниковой связи и GPS навигацию.

Интеграция каналов связи и современная система наведения позволяют перенацеливать ракету в полете на одну из 15 сохраненных целей. Новая ГСН поражает стационарные и движущиеся цели на море, земле, в темноте и при любых погодных условиях, а также защищенные наземные объекты и бункеры. Новейшие модификации Tomahawk могут активно противодействовать системам ПВО и ПРО. По свидетельствам сирийских военных Tomahawk при атаке на Сирию генерировали множество ложных целей, а значит действительно были самыми современными.